Computación Grid: Más allá de los superordenadores
Borja SotomayorUna vez más, os recomendamos el interesantísimo
blog de BorjaDepartamento de Ciencias de la Computación de la Universidad de Chicago
CHICAGO. Cuando Charles Babbage diseñó la primera computadora programable a mediados del sigo XIX, lo hizo con el propósito de resolver eficientemente un problema contemporáneo: la tabulación de fórmulas matemáticas que, hasta entonces, eran calculadas manualmente por operadores humanos (llamados «computadores»). Babbage fue un pionero de la informática, y sus ideas permanecieron relativamente en la oscuridad hasta que, más de 100 años después, se construyeron los primeros ordenadores electrónicos. Nuevamente, la principal motivación fue un problema especialmente importante en esos tiempos: descifrar los códigos de la Alemania nazi durante la Segunda Guerra Mundial.
Desde entonces, la informática ha evolucionado mucho, y también lo han hecho los problemas que deben resolver los ordenadores. En lugar de tabulaciones matemáticas o mensajes cifrados, ahora los ordenadores se enfrentan a nuevas tareas, como el análisis de las partículas más fundamentales del universo y complicadas simulaciones de modelos medioambientales. Para abordar estos problemas, se construyen enormes supercomputadores, miles de veces más potentes que nuestro ordenador de sobremesa, capaces de realizar billones de operaciones por segundo. Sin embargo, nuestro afán por el conocimiento, por el planteamiento de nuevos y emocionantes problemas que resolver, evoluciona más rápidamente que la informática, y a veces nos encontramos con que estos gigantes computacionales resultan insuficientes y hay que saltar al siguiente nivel: la Computación Grid (Grid Computing).
Para explicar lo que es la Computación Grid conviene utilizar un ejemplo de un problema de proporciones gigantescas. Un buen ejemplo, que a estas alturas se ha convertido en el «embajador de la Grid» para los no-iniciados, es el Large Hadron Collider (LHC), un acelerador de partículas con una circunferencia de 27 km cuya construcción se realiza en el CERN (el Centro Europeo de Investigaciones Nucleares), cerca de Ginebra. Cuando el LHC entre en funcionamiento el año que viene, los experimentos que se realizarán en el acelerador producirán 15 petabytes de información cada año (un petabyte equivale a 1.048.576 gigabytes; un disco duro típico de sobremesa suele rondar los 150-300 gigabytes). Esta información tiene que ser almacenada y procesada, y eso resulta inabordable en un único centro de cálculo, ya que sería necesario equipar al CERN con una potencia de cómputo varios ordenes de magnitud mayor de la actualmente disponible, una opción impracticable tanto a nivel técnico como económico.
Complicación del «reparto»
La Computación Grid es un modelo de computación relativamente nuevo que plantea repartir el cómputo de estos problemas entre recursos computacionales (como supercomputadores, clusters de ordenadores, etc.) distribuidos en diversas organizaciones. Conceptualmente, es una solución muy sencilla, un «divide y vencerás» de toda la vida: si no podemos resolver el problema en un único lugar (Ginebra), pues lo repartimos entre centros de cálculo de toda Europa, cuya unión sí da cabida a las necesidades computacionales del LHC. Esta unión de recursos de distintas organización es lo que habitualmente se denomina una «grid» computacional.
Sin embargo, en la práctica, realizar este «reparto» es técnicamente muy complicado. Por ejemplo, supongamos que queremos distribuir un enorme cómputo entre centros de cálculo situados en distintos paises. ¿Cómo «dividimos» el problema? Y una vez dividido, ¿cómo realizamos el reparto de las distintas subtareas? ¿Cómo conseguimos que los distintos centros de cálculo (cada uno con distintos tipos de máquinas, redes, sistemas operativos, etc.) se comuniquen entre ellos? Desde el punto de vista de alguien que cede parte de sus recursos a una grid, ¿cómo garantizamos que nadie abusa de esos recursos que se están cediendo? ¿Cómo mover las enormes cantidades de datos de un centro a otro? La Computación Grid se encarga de responder a estas y muchas otras preguntas.
Primeros frutos
Por supuesto, dicho todo esto, puede parecer que la Computación Grid no es más que pura fantasía, o algo que difícilmente puede afectar al público general (al fin y al cabo, no es habitual tener un acelerador de partículas en el salón de casa...). Sin embargo, hace tiempo que la Computación Grid dejó de ser una tecnología experimental, y actualmente ya se utiliza para mejorar la calidad investigadora de muchos proyectos en todo el mundo. El LHC, por ejemplo, se valdrá de una grid europea, fruto del proyecto EGEE, que une los recursos computacionales de más de 100 centros de cálculo alrededor de todo el mundo (la mayoría situados en Europa).
Eso sí, la Computación Grid no se limita a resolver enormes problemas, como los planteados por el LHC. También puede proporcionar potencia computacional sobre demanda a proyectos más modestos. De hecho, el término «Grid» se originó por analogía a la red eléctrica («Electrical Grid»). Cuando nosotros necesitamos electricidad, evidentemente no necesitamos contar con nuestro propio generador eléctrico.
Sencillamente nos conectamos a la red eléctrica, que nos proporcionará la potencia que nos hace falta, y que se habrá originado en una central eléctrica que atiende las necesidades de muchos usuarios. La Computación Grid, en esencia, permite que un usuario tenga acceso a toda la potencia computacional que necesita (la «electricidad»), pero sin tener que disponer de un supercomputador propio (la «central eléctrica»). Así pues, hay muchas Grids alrededor del mundo, tales como EGEE (en Europa) y TeraGrid (en EEUU) que proporcionan una valiosa infraestructura a distintos proyectos relacionados con bioinformática, astrofísica, química computacional, finanzas y muchas otra áreas. Las grids como EGEE y TeraGrid afectan al público general indirectamente al mejorar los recursos de los que disponen científicos que trabajan en problemas que, de una manera u otra, acaban afectándonos. Sin embargo, también hay grids centradas en solucionar problemas que afectan más directamente a la sociedad, como caBIG (Cancer Biomedical Informatics Grid), una Grid para aunar recursos en la lucha contra en cancer, y NEES (Network for Earthquake Engineering Simulation), una red de investigación que utiliza una infraestructura grid para la simulación de terremotos.
El futuro: «La Grid»
La Computación Grid, a pesar de ser una tecnología con bastante madurez, sigue estando en constante evolución. Actualmente existen muchas grids computacionales (como EGEE y TeraGrid), construidas para dar salida principalmente a problemas científicos, pero todavía no existe «La Grid». De la misma manera que internet nació en el ámbito científico para luego llegar al público general, lo mismo puede esperarse, a largo plazo, de la Computación Grid. Cuando la tecnología madure lo suficiente, será posible que cualquier usuario, desde su ordenador personal de casa, pueda enviar complejos trabajos computacionales a «La Grid», como si tuviésemos un supercomputador en el salón de casa.
La biología se está matematizando
Encontramos esta interesante entrevista en
El PaísHace seis años, el matemático italiano Luigi Preziosi, del Politécnico de Turín, se sentó por primera vez a la mesa con un biólogo, que investigaba el desarrollo de los vasos sanguíneos. "Al principio no entendía nada", asegura. Pero Preziosi acabó desarrollando un modelo matemático que "sugirió a los biólogos cuáles eran los mecanismos para formar los vasos, de forma que ellos fueron al experimento y efectivamente los encontraron", explica. "El paso siguiente es cómo hacer que se formen las estructuras que queremos, y así ya entramos en la medicina regenerativa y la ingeniería de tejidos", prosigue. Es sólo un ejemplo de lo mucho que, según Preziosi, pueden aportar las matemáticas a la biología. Él coordina una red europea para desarrollar modelos matemáticos del cáncer en la que participan grupos españoles. Preziosi intervino en la Escuela Lluis Santalo, en la Universidad Internacional Menéndez Pelayo, en Santander.
Pregunta. La red que coordina, ¿por qué se ha concentrado en tumores? ¿Son más sencillos de abordar matemáticamente que otras enfermedades?
Respuesta. En absoluto. También hay mucho trabajo en enfermedades cardiovasculares. Éstas y el cáncer no es que sean más fáciles de abordar, es que son las enfermedades que más muertes causan. En general, cuando se toca la biología, la matemática se vuelve muy compleja. Trabajar con algo vivo, que cambia constantemente, complica mucho las cosas.
P. ¿Cómo se hace un modelo matemático para la medicina?
R. Lo primero es hablar con los médicos. Hay que entender cuáles son las variables esenciales, porque no se puede modelizar todo, y escoger los fenómenos que hacen cambiar a estas variables. Luego se determinan las ecuaciones. También aquí se elige el tipo de modelo que se va a desarrollar, porque no hay un único camino posible. Por eso somos varios grupos en la red, para comparar resultados.
P. ¿Cómo está seguro de que ha escogido las variables correctas?
R. El modelo se valida sobre casos conocidos y éste es el punto clave en cuanto a la interacción con los biólogos. El modelo reproduce lo que ve el biólogo en el experimento, pero lo bonito es que cambiando los parámetros se ven cosas distintas. Poner un número en vez de otro en el ordenador es muy sencillo y permite hacer experimentos virtuales. Así se pueden orientar los pasos de los médicos, probar primero lo que parece mejor.
P. ¿Permite saber cómo habría evolucionado un paciente con otra terapia?
R. Por ejemplo. Si tengo la historia de un paciente en principio podría cambiar el protocolo y ver si tal vez hubiera tenido una evolución distinta. Obviamente una cosa es hacerlo en un ordenador y otra muy distinta en vivo. No sólo por motivos éticos, sino por tiempo: en un ordenador tardo un día, en una persona, meses.
P. ¿Cómo de precisos son ahora estos modelos?
R. Algunos fenómenos se han comprendido mejor que otros. Hay modelos que predicen bastante bien cómo se comporta el tumor, y permiten predecir dónde están las células tumorales. Esto sirve para indicar hasta dónde cortar en el caso de una operación, porque dice si es más o menos probable que haya células tumorales lejos del tumor. También hay modelos que optimizan protocolos, sugieren cada cuánto dar el fármaco, cuándo ya no es útil... En Estados Unidos se contrata a matemáticos para esto. Trazando la historia pasada del paciente pueden decir si conviene una determinada terapia cada dos días, cada tres...
P. ¿Qué podrán llegar a hacer estos modelos en el futuro?
R. El matemático nunca podrá decir "usa este fármaco en vez de este otro". Es más fácil decir "si lo suministras cada dos días obtienes mejor resultado que si lo das cada cinco". Otro aspecto fundamental es que ahora, con la genómica y la proteómica, con la biología de sistemas, empieza a haber una cantidad enorme de datos que el biólogo no logra controlar. Ahí los modelos matemáticos orientarán sobre cuáles son los puntos fundamentales para actuar sobre la maquinaria de la célula, porque podrán señalar tal o cuál gen como candidato más probable a hacer esto o esto otro. Después el biólogo, claro está, debe hacer su trabajo.
P. ¿Cómo se trasladan a los modelos los nuevos conocimientos de la biología?
R. Sí, los biólogos siempre están aprendiendo cosas nuevas. Todos los resultados sobre redes de proteínas...hace cinco años no se sabía nada. Lo bueno es que son muy adecuadas para ser estudiadas matemáticamente: es una red, son relaciones lógicas. La biología se está matematizando, pero no hay que olvidar que el matemático nunca puede sustituir al biólogo.
NETTAB 2007: web semántica para la Bioinformática
The NETTAB 2007 workshop will soon be officially announced through
many mailing lists and directory events.
It will be held on 12-15 June 2007, in Pisa, Tuscany,and it will
be focused on the development of a
Semantic Web for bioinformatics (see
http://www.nettab.org/2007/ ).
Adjunct focus themes will be "Algorithms in Bioinformatics" and
"Formal Methods in Systems Biology".
Sessions will also be devoted to the general theme of the series
of workshops: "Network Tools and Applications in Biology".
This will be the seventh in a series of workshops that intend to introduce
and discuss the most innovative and promising network tools and applications
in bioinformatics.
Workshop's chairs are:
Paolo Romano, National Cancer Research Institute, Genoa, Italy
Michael Schroeder, TU Dresden, Dresden, Germany
Nicola Cannata, University of camerino, Camerino (MC), Italy
Oreste Signore, ISTI/CNR, Pisa, Italy
The local organization is co-ordinated by:
Roberto Marangoni, University of Pisa, Pisa, Italy
The vast majority of presentations and tutorials given at last NETTAB
2006 workshop are available on-line in the web site of the workshop.
You are welcome to navigate the scientific programme and presentations at http://www.nettab.org/2006/Program.html .
GROCK: grid docking
GROCK es un programan desarrollado por el
Departamento de Bioinformática e Informática Científica del
CNB (Centro Nacional de Biotecnología). Si necesitas un interfaz web amigable e intuitivo para lanzar de manera rápida y sencilla procesos de docking masivos a la Grid... GROCK es tu programa.
Podeis acceder a una completa demo del programa
aquí
Dos eventos importantes: Inteligencia Artificial en Medicina y Parallel Biocomputing 2007
11th Conference on: Artificial Intelligence in MedicineAIME 07, 07-11 July 2007
Amsterdam, The Netherlands
Web site: http://www.aimedicine.eu/aime07
The AIME 07 conference will be held in Amsterdam starting from 07/07/07. AIME 07 is a unique opportunity to present and improve the international state of the art of AI in biomedical research from both perspectives of methodology and application. AIME 07 will include invited lectures, full and short papers, tutorials, workshops, and a doctoral consortium. The conference will be held in De Rode Hoed, which is a beautiful historic building in the centre of Amsterdam.
Program Committee Chair: Riccardo Bellazzi, University of Pavia, Italy
Local Organization Chair: Ameen Abu-Hanna, University of Amsterdam, The Netherlands
Doctoral Consortium Chair: Jim Hunter, University of Aberdeen, UK
1) INVITED SPEAKERS
We are happy to announce our keynote speakers:
Michael Berthold, University of Konstanz, Germany
Peter Szolovits, Massachusetts Institute of Technology, USA
2) CALL FOR PAPERS
Contact: Riccardo Bellazzi (aime2007@unipv.it
, riccardo.bellazzi@unipv.it )
IMPORTANT DATES
23 January 2007 Abstract Submission deadline
31 January 2007 Paper Submission deadline
30 March 2007 Notification of acceptance
17 April 2007 Camera-ready papers deadline
09-11 July 2007 AIME 07 Scientific Sessions
Original long and short papers are sought on the development of theory, systems, and applications of AI in Medicine, including the exploitation of AI approaches to molecular medicine and biomedical informatics. Contributions to theory may include presentation or analysis of the properties of novel AI methods potentially useful in solving medical problems. Papers addressing theory should describe the development or the extension of AI methods and discuss the assumptions and limitations of the proposed methods and their novelty with respect to the state of the art. Papers addressing systems should describe the requirements, design and implementation of new AI-inspired tools and systems, and discuss their applicability in the medical field. Application papers should describe the implementation of AI systems to solve significant medical problems, and should present sufficient information to allow evaluation of the practical benefits of the system.
The scope of the conference includes topics such as:
Knowledge Acquisition and Management; Biomedical Ontologies and Terminologies; Machine Learning, Knowledge Discovery and Data Mining; Decision Support Systems; AI and Statistical Approaches: Decision Trees and Bayesian Belief Networks; Case-Based Reasoning, Neural Networks, Fuzzy Systems and Soft Computing; Spatial and Temporal Reasoning; Qualitative Modelling; Protocols, Guidelines, and Workflow Models; Natural Language Processing: Generation and Understanding; Biomedical Computer Vision, Imaging and Signal Interpretation; Intelligent Agents, Cooperative and Distributed Systems; Information Retrieval; Cognitive Modelling.
3) CALL FOR WORKSHOPS AND TUTORIALS
Contact: Ameen Abu-Hanna (a.abu-hanna@amc.uva.nl )
IMPORTANT DATES
15 Nov 2006 Deadline for proposals
01 Dec 2006 Notification of acceptance
15 May 2007 Camera-ready materials
07 Jul 2007 Tutorials at AIME 07
08 Jul 2007 Workshops at AIME 07
Workshops will address selected technical topics. They should have an informal atmosphere and will last for half or a whole day with ample time allotted for general discussion. A workshop will typically attract 20 to 40 participants. Tutorials focus on topics relating to theoretical and applied aspects of AI in Biomedicine. They will last for 4 hours and will typically attract up to 20
participants. Attendees at tutorials and workshops do not necessarily need to register for the main AIME 07 conference.
4) CALL FOR DOCTORAL CONSORTIUM SUBMISSIONS
Contact: Jim Hunter (jhunter@csd.abdn.ac.uk)
IMPORTANT DATES
27 March 2007 Paper submission deadline
01 May 2007 Notification of acceptance
15 May 2007 Camera-ready papers deadline
07 July 2007 Doctoral Consortium at AIME 07
The aim of the AIME 07 Doctoral Consortium is to support the research done by doctoral students with constructive remarks and feedback from prominent scientists in the AIM field. About 6 - 8 Ph.D. students will make presentations, which will be commented on by two members of a panel with substantial experience in the field. The session will conclude with a discussion of general questions related to Ph.D. research.
===================================================================
PARALLEL BIO-COMPUTING 2007
Workshop on Parallel Computational Biology, Gdansk, Poland
September 9-12, 2007
Submission Deadline: April 29th, 2007
http://pbc.pcz.pl
Bioinformatics is the science of managing, mining, and interpreting information
from biological sequences and structures. This is an exciting and emerging topic
that requires solving hard computational problems and handling large volumes of
data. Many new challenges in the life sciences require high performance
computing.
The goal of this Workshop is to present the latest research in high-performance
computing applied to bioinformatics. We are especially interested in parallel
and distributed algorithms, memory efficient algorithms, and design of
high-performance software for clusters, massively parallel systems and grids.
Topics of interest include but are not limited to:
* Bioinformatic databases
* Computational genomics and proteomics
* DNA assembly, clustering, and mapping
* Gene expression and microarrays
* Gene identification and annotation
* Molecular sequence analysis
* Phylogeny reconstruction algorithms
* Protein structure prediction and modelling
* Parallel algorithms for biological analysis
* Parallel architectures for biological applications
* System tools that support large scale high-performance bio-computing
The PBC Workshop will be held in conjunction with the Seventh International
Conference on Parallel Processing and Applied Mathematics PPAM 2007, Gdansk,
Poland, September 9-12, 2007 (http://ppam.pcz.pl).
Paper Submission and Publication
The workshop will consist of dedicated sessions containing selected papers.
Papers will be refereed and accepted on the basis of their originality,
scientific merit and relevance to the Workshop topics. Papers presented during
Workshop will be included into the proceedings of PPAM and published after the
conference by Springer-Verlag in the LNCS series.
Information regarding paper preparation and submission will be announced soon.
Important Dates
* Submission of Papers: Sunday, April 29, 2007 (23:59 CET)
* Notification of Acceptance: Friday, June 15, 2007
* Conference: September 9-12, 2007
* Camera-Ready Papers: October 15, 2007
Programme Committee
* David A. Bader, Georgia Tech., USA (workshop chair)
* Denis Trystram, ID-IMAG, France (workshop chair)
* Jaroslaw Zola, Iowa State. Univ., USA (programme chair)
* Srinivas Aluru, Iowa State. Univ., USA
* Jacek Blazewicz, Poznan Univ. of Tech., Poland
* Frederic Guinand, Le Havre Univ., France
* Ralf Hofestaedt, Bilefeld Univ., Germany
* Ananth Kalyanaraman, Washington State Univ., USA
* Dominique Lavenier, IRISA, France
* Luciano Milanesi, CNR, Italy
* Bertil Schmidt, Nanyang Tech. Univ., Singapore
* Alexandros Stamatakis, EPFL, Switzerland
* Andrei Tchernykh, CICESE, Mexico
* Chau-Wen Tseng, Univ. of Maryland, USA
* Albert Zomaya, Univ. of Sydney, Australia
Workshop de EMBRACE
Uppsala 9-10 November 2006
The objective of EMBRACE is to bring together a wide group of experts throughout Europe who are involved in the use of information technology in the biomolecular sciences. The EMBRACE Network of Excellence seeks to optimise informatics and information exploitation by pure and applied biological scientists in both the academic and commercial sectors.
This
workshop will focus on Regulatory Sequence Motif Discovery tools and databases and web-services/grid aspects related to the EMBRACE project.
La conexión entre varios supercomputadores abre horizontes a la investigación espacial
NOTA DE "BIOINFORMÁTICA Y GRID": hay que tener claro que una cosa son los supercomputadores como el Mare Nostrum y otra la filosofía del Grid Computing, conceptos que creemos se confunden un poco en el texto que os presentamos. Por Grid Computing entendemos la utilización de un "computador virtual", que en realidad es la interacción de heterogéneos recursos computacionales conectados en red (PCs, clústeres, supercomputadores...). Por tanto, vemos que los supercomputadores pueden conectarse con otros recursos computacionales (otros supercomputadores o no) y utilizar tecnologías como la Grid Computing, pero conviene no confundir los términos. Interesante la actualización de Grid Computing en la edición en castellano de Wikipedia, aunque no aluda al concepto de "computador virtual".
La OpiniónLa interconexión de varios de los supercomutadores que existen en el mundo abrirá nuevos horizontes en la investigación espacial, ya que multiplicará la capacidad de analizar, procesar e interpretar la información que envían los satélites, las sondas o los telescopios.Científicos y tecnólogos se han reunido esta semana en el Centro Europeo de Astronomía Espacial (ESAC) que Agencia Europea del Espacio tiene en Madrid para analizar las últimas tecnologías de computación y su utilidad en la investigación espacial.
Los trabajos se orientaron sobre todo a los últimos avances en la tecnología de computación "Grid", consistente en compartir recursos como superordenadores situados en diferentes lugares y pertenecientes a organizaciones diferentes pero conectados "en malla" a través de internet para que trabajando simultáneamente puedan resolver complejísimos problemas de cálculo o procesar un mayor volumen de datos.
Mateo Valero, director del Centro Nacional de Supercomputación, donde se localiza uno de los ordenadores más potentes del mundo -el "Mare Nostrum"-, destacó la contribución que la computación está prestando a la investigación espacial y las posibilidades que se abren gracias a las tecnologías "Grid".
En declaraciones a Efe Mateo explicó que las aplicaciones espaciales, sobre todo campos el de la astrofísica, ocupan aproximadamente el veinticinco por ciento de los trabajos científicos que en la actualidad se realizan en el "Mare Nostrum" de Barcelona.
Precisó que la supercomputación aplicada a la investigación espacial aporta una mayor capacidad de cálculo, de memoria, de procesado de información, y que todo ello permite estudiar "a un nivel mucho fino" cómo ha evolucionado el universo.
Para Félix García, profesor de Arquitectura de Ordenadores en la Universidad Carlos III de Madrid, apuntó que el objetivo de la tecnología "Grid" es compartir instalaciones para conseguir "el ordenador virtual más grande del mundo" para que la comunidad científica sea capaz de resolver problemas cada vez más complejos y de realizar simulaciones.
En España, varias universidades y centros del Consejo Superior de Investigaciones Científicas han creado la primera plataforma de estas características, conocida como "Irisgrid", explicó a EFE Félix García, quien coincidió con Mateo al subrayar las posibilidades que este tipo de tecnologías van a abrir a sectores como el espacial.
El responsable de informática y de archivos científicos del Centro Europeo de Astronomía Espacial (ESAC), Christophe Arviset, subrayó que la supercomputación y las tecnologías "Grid" acelerarán el procesado de los datos que envían la tierra las diferentes sondas o satélites que navegan por el espacio.
Arviset aseveró que gracias a la tecnología "Grid" "ya no hay límites a la computación", y se mostró convencido de que ello servirá para que la investigación espacial dé "un paso más" y para descifrar enigmas que la computación normal no ha logrado.
Introducción a las "healthgrids"
En el campo de la salud y la biomedicina cada vez está cobrando más importancia el Grid Computing. Os recomandamos
este portal para quien quiera profundizar más en el tema.
Y además una buena noticia para la gente interesada en el conocimeinto libre: el 4 de diciembre la Knowledge Base sobre Healthgrids
será pública.
Ian Foster
Ian Foster es una persona clave en el mundo de la computación distribuida. En su
página personal hay información muy interesante (como esta presentación sobre
Qué es la Grid) así como en su
blog.
Es uno de los autores de
The Grid: Blueprint for a New Computing Infrastructure, que es una de las biblias en el campo del Grid Computing.
"Bioinformática y Grid" en Barrapunto
Agradecemos a los editores de
Barrapunto el que
informe tan pronto de nuestra iniciativa. Saludos.
VII Jornadas de Bioinformática (JdB'06), Zaragoza
http://ub.cbm.uam.es/jdb06
PRELIMINARY PROGRAM
MONDAY 20th November
opening
13:00-15:00 Registration
15:00-15:30 Opening Ceremony
15:30-16:30 Luis Serrano RNB Keynote Address
16:30-17:00 coffee break
cross-disciplinary session
17:00-17:30 C.A. Orengo-UCL
17:30-18:00 Patrick Aloy-IRB
18:00-18:30 Madan Babu-LMB
18:30-19:00 Joaquin Dopazo-CIPF
19:45-20:30 Welcome Reception at Zaragoza Town Hall
21:30 Congress Dinner at Hotel Goya
TUESDAY 21st November
structural bioinformatics session
9:00-10:00 Jeffrey Skolnick INB Keynote Address
10:00-10:30 Nikolay Dokholyan
10:30-10:45 Ugo Bastolla-CBM, Madrid
10:45-11:00 Oral Communication (selected from abstracts)
11:00-11:30 coffee break
11:30-12:00 Holger Golhke
12:00-12:15 Oral Communication (selected from abstracts)
12:15-12:30 Oral Communication (selected from abstracts)
12:30-13:00 (to be confirmed)
13:00-13:15 Oral Communication (selected from abstracts)
13:15-13:30 Santiago Cuesta-CNR ENS, Lyon
13:30-15:00 lunch at Restaurante Garden
systems biology session
15:00-15:30 Laurence Hurst - University of Bath
15:30-16:00 (to be confirmed)
16:00-16:30 (to be confirmed)
16:30-17:00 Mark Isalan - CRG
17:00-17:30 coffee break
17:30-18:00 Victor de Lorenzo - CNB
18:00-18:30 Juan Poyatos - CNIO
18:30-18:45 Oral Communication (selected from abstracts)
18:45-19:00 Oral Communication (selected from abstracts)
19:00-20:00 Drinks & Poster Session
20:30-21:30 Visit to La Aljaferia, Zaragozas old Moorish (and Christian)
royal castle. http://commons.wikimedia.org/wiki/La_Aljafería,_Zaragoza
WEDNESDAY 22nd November
computational genomics session
9:00-10:00 Peer Bork BSC Keynote Address
10:00-10:30 (to be confirmed)
10:30-10:45 Federico Abascal
10:45-11:00 Oral Communication (selected from abstracts)
11:00-11:30 coffee break
11:30-12:00 Christian von Mering
12:30-13:00 (to be confirmed)
12:00-12:30 Francesca Ciccarelli
13:00-13:15 Oral Communication (selected from abstracts)
13:15-13:30 Oral Communication (selected from abstracts)
13:30-15:00 lunch at Restaurante Garden
algorithms and databases session
15:00-15:30 (to be confirmed)
15:30-16:00 (to be confirmed)
16:00-16:15 Oral Communication (selected from abstracts)
16:15-16:30 Oral Communication (selected from abstracts)
16:30-16:45 Oral Communication (selected from abstracts)
16:45-17:00 coffee break
closing
17:00-17:55 Entrepreneurs Session
17:55-18:00 Adjourn
Tutorial sobre Grids - EGEE / EELA
RedIRIS/Red.Es está involucrado desde el año 2002 en el impulso de las tecnologías Grid Computing dentro de la Comunidad Científica Española, albergando las Iniciativas Nacionales, infraestructuras comunes, y ofreciendo a la comunidad científica un foro de unión que permita el uso y diseminación de de la tecnología Grid. RedIRIS/Red.Es ha participado y participa en varios proyectos Europeos en Grid e Internacionales, tales como, CrossGrid, EGEE-I, EGEE-II, EuMedGrid, EELA y GGF.
En el marco del proyecto EELA y EGEE-II, RedIRIS/Red.Es organiza este curso de formación destinado tanto a administradores como a usuarios de la Tecnología Grid Computing, basado en las infraestructuras y middleware que define el proyecto EGEE, donde RedIRIS participa varias actividades, entre ellas, NA3 relativa a Trainning.
El objetivo de este curso es que los alumnos conozcan en profundidad la tecnología Grid, tanto a nivel de usuarios como a nivel de administrador, por ellos, uno de los aspectos más destacados es el caracter práctico del curso.
El curso tendrá lugar en la Facultad de Informática de la Universidad Complutense de Madrid, y la asistencia está limitada tanto en el tutorial de usuarios como en el de administradores a un máximo de 40 alumnos, aunque este es el primero de una serie de cursos que RedIRIS está planificando.
La agenda del Tutorial puede consultarse en el siguiente enlace. Además, existe información sobre hoteles, y como llegar a la Facultad de Informática de la Universidad Complutense de Madrid.
COPY-LEFT Manual de uso
Hace ya algún tiempo, el término copyleft saltaba los márgenes del código informático y se instalaba en todos los ámbitos de la producción intelectual.
Todavía relativamente desconocido, torpemente pronunciado por los no iniciados, el copyleft se ha convertido sin embargo en la bandera de un movimiento cultural y político que reúne a toda clase de creadores y trabajadores intelectuales: músicos, escritores, programadores, artistas, editores, juristas, mediactivistas y un larguísimo etcétera que amenaza con instalarse en cada rincón de la sociedad.
Este manual pretende ser una herramienta practica para que las personas que trabajan en los distintos ámbitos de la creación puedan tener unas referencias mínimas, para entender la cultura libre y el mundo copyleft.
Para que este manual no pierda su validad por el paso del tiempo, en breve pretendemos publicar la guía en formato WIKI donde poder ir revisando el manual.
Visita la web o descárgate el libro
Proyectos españoles de computación distribuida en EGEE 06
Leído en
BarrapuntoEn estos días se está desarrollando en Ginebra el primer congreso del proyecto mundial de Grid Computing EGEE II. En este evento hay diversos proyectos españoles desarrollados en el ámbito académico –la lista no es exhaustiva, puede faltar alguna cosa, toda la información en el link del congreso– como GridWay (proyecto relacionado con Globus), XMipp (microscopía electrónica), GROCK (descubrimiento de nuevos fármacos), BiG (bioinformática), IMRT (biomedicina), la presentación en este congreso por el IFCA de la European Interactive Grid, o bien proyectos extranjeros relacionados con el CERN con importante participación de desarrolladores españoles (desarrolladora, en este caso), como Geant4 o UNOSAT-Grid.
Empezamos
Bienvenidos a "Bioinformática y Grid", nuevo blog donde trataremos sobre
bioinformática,
grid computing,
software,
cultura y
conocimiento libres y demás temas relacionados.
Esperamos estar al nivel de otras iniciativas en castellano similares, como el blog de
GRIDIMadrid o actualmente el imprescindible blog de
Borja SotomayorPara cualquier duda o sugerencia podeis escribir a david[arroba]cnb.uam.es
