Bioinformática y Grid

Biomed Grid School in Italy

2007-04-25T03:01:00.000-07:00

The 1st Biomed Grid School is organised by Bioinfogrid, EMBRACE, EBI and ICEAGE.

Participation is free of charge but travel and susistance costs must be undertaken by each individual participant.

Places will be given on a first come first served basis. Please visit the event website to download the application form and for details on hotel accommodation available.

Taking place 14 - 19 May 2007, Villa Monastero

The Biomed Grid School is taking place from the 14-19th May 2007 at Villa Monastero, Varenna, Italy.

People wishing to participate must fill in this form and send it back to bioinfogrid@itb.cnr.it as soon as possible to ensure a place on the course. Places will be given on a first come first served basis.

There will not be a participation fee, but travel and susistance costs must be undertaken by each individual participant.

Hotel availability is very low, people must book by next week in order to ensure a place.

The Hotels contacted in Varenna are:

Hotel Beretta*: +39 0341 830132
Hotel Montecodeno***: +39 0341 830123
Hotel del Sole***: +39 0341 815218
Hotel Royal Victoria****: +39 0341 815111

When reserving a room, please quote the 'Biomed
Grid School' organised by Luciano Milanesi and notify us of your
reservation at the following
address: bioinfogrid@itb.cnr.it
we need to know how many places have been booked. To reserve your
room you will need to give your credit card details.

Sun's dim grid a developer thang now

2007-03-27T04:14:00.000-07:00

The Registrer

Three years into its grand supercomputer rental experiment, Sun Microsystems has found that developers, developers, developers have more interest in the program than big spending businesses.

Sun indicated as much two weeks ago by announcing so-called cclick and rund support for its Network.com service. Customers can select applications such as BLAST, FreeMAT and Impact and fire up the software across a desired number of Sun hosted processors. Ideally, this provides developers with a cost-effective way of testing their code across a large number of machines at a low cost.

Sun first talked up this grid computing service back in late 2004, touting it as the answer for large companies in need of extra horsepower. Got some oil exploration problems that just won't fit on your in-house servers? No problem. Fork over $1 per CPU per hour and crank away on Sun's hardware.

Buoyed by its own optimism, Sun bragged about creating six data centers to host the grid-based applications, setting up shop in the US, Canada and Europe.

Now we find Sun using just a couple of data centers and paying more attention to the developer set than cycle hungry types on Wall Street or in Texas (replace Texas with Hollywood, if you're Californian). (The company refuses to divulge how many grid data centers it has now but did confirm that it has centers in the US and Canada, so we know it's at least two.) And where Sun once celebrated the grid idea at every turn, the company has made a conscious effort to scale back the grid chatter, fearing public ridicule.

The humbled Sun's focus on software developers makes sense and might prove lucrative in the long run.

In the coming weeks, Sun plans to dish out High Performance Computing (C++) and Java grid modules for NetBeans that should make it easier for coders to write software for the grid, said Sun's software chief Rich Green.

Sun last week experienced its first ever grid backlog with some jobs needing to wait about five minutes to hop on the processor train. cWe're hustling as fast as we can to get more gear on the grid,d Green said.

The company has seen chundredsd more subscribers sign up for the grid service week-over-week and is on a double-digit growth curve. Most of this interest has come from the developer crowd Sun so wants to attract.

Overall, the grid plan remains perplexing. Even if Sun managed to sell 500 million hours of CPU time 3 a minor miracle 3 the Network.com profits would barely be noticed on its balance sheet.

Insiders, however, claim that Network.com is all about the relationship not the revenue. Customers that design and run their software on Sun's grid will form strong ties to Sun's OS, developer tools and hardware. This will in turn make them more likely to buy gear for other projects.

On paper, this plan makes a heck of lot of sense, especially with the likes of IBM, HP and Dell declining to pursue similar efforts. (That last line is for you, Aisling. Now please stop punching me.)

Simposio sobre la informática de alto rendimiento en Europa

2007-03-21T06:16:00.001-07:00

El consorcio de DEISA (Distributed European Infrastructure for Supercomputing Applications) celebrará un simposio que tratará sobre el alcance social de la informática de alto rendimiento en Europa los días 21 y 22 de mayo en Múnich (Alemania).

Este año, el simposio de DEISA se centrará en las iniciativas y las estrategias que prepararán el terreno para la «petascale computing» en Europa. En este acto se darán cita representantes del mundo académico y de la investigación, de la empresa y la política de toda Europa. Dicho acto servirá de foro para el diálogo con DEISA, creadores de la informática de alto rendimiento (high performance computing) y las infraestructuras Grid.

Para obtener más información, visite:
https://www.deisa.org/news_events/deisa_events/current_event.php

Tutorial sobre Grids - EGEE / EELA / EUMedGrid

2007-03-20T09:13:00.000-07:00

Más info sobre IRISGrid

Proyecto EGEE II

EELA Grid

EUMedGrid

Web del curso

RedIRIS/Red.es está involucrado desde el año 2002 en el impulso de las tecnologías Grid Computing dentro de la comunidad científica española, albergando las iniciativas nacionales, infraestructuras comunes, y ofreciendo a la comunidad científica un foro de unión que permita el uso y difusión de la tecnología Grid. RedIRIS/Red.es ha participado y participa en varios proyectos europeos e internacionales en Grid , tales como, CrossGrid, EGEE-I, EGEE-II, EuMedGrid, EELA y GGF.

En el marco de los proyectos EELA, EUMedGrid y EGEE-II, RedIRIS/Red.es organiza este curso de formación destinado tanto a administradores como a usuarios de la tecnología Grid, basado en las infraestructuras y middleware que define el proyecto EGEE, donde RedIRIS participa en varias actividades, entre ellas, NA3 relativa a formación. En octubre de 2006, RedIRIS/Red.es organizó el primer curso de formación para la comunidad científica basado en el middleware definido en el proyecto EGEE y dado el exito en participación de este primer curso y la demanda de la comunidad científica en conocer esta tecnología, RedIRIS/Red.es ha decidido organizar un segundo curso.

El objetivo de este curso es que los alumnos conozcan en profundidad la tecnología Grid, tanto a nivel de usuario como de administrador, por ello uno de los aspectos más destacados es el caracter práctico del curso.

El curso tendrá lugar en las oficinas de Red.es en Madrid , y la asistencia está limitada tanto en el tutorial de usuarios como en el de administradores a un máximo de 40 alumnos, donde tendrán prioridad las personas pertenecientes a la comunidad académica y científica española, y las personas involucradas en los proyectos EGEE-II, EELA y EUMedGrid.

La dirección de las oficinas de RedIRIS/Red.es donde se celebrará el curso es:

Edificio Bronce
Plaza Manuel Gómez Moreno, s/n
28020 Madrid

Grid Republic

2007-03-07T03:31:00.000-08:00

Grid Republic

Also: GridRepublic - 2006 BOINC Workshop Presentation

GridRepublic members run a screensaver that allows their computers to work on public-interest research projects when the machines are not otherwise in use. This screensaver does not affect performance of the host computer any more than an ordinary screensaver does.

By aggregating idle resources from users around the world, we create a massive supercomputer.

Historically, significant increases in available computing power have always enabled new insights and discoveries.

Our network of millions of volunteers will create a resource larger than any existing supercomputer. Computations that would take tens of thousands of years to compute on an ordinary computer can be processed in just a few months.

New medicines can be developed, the human genome can be explored, the physical origins of the universe can be modeled and probed, the search for signs of life on other planets can be extended... All these and other questions can be examined in ways and to an extent never before possible.

In short, GridRepublic makes the impossible possible.

The European Union promotes an unexpected level of synergies, bridging Life and Computational Sciences

2007-03-06T03:39:00.000-08:00

The European Union promotes an unexpected level of synergies, bridging Life and Computational Sciences

Last Friday 23rd of February three large European Union projects converged at the National Center for Biotechnology, CNB -CSIC, in Madrid, showing the power of bridging across disciplines and promoting interdisciplinary.

Indeed, two workshops from two Networks of Excellence were combined with experts from the strategic EGEE Project (Enabling Grids for E-SciencE) so that experimental biologist were explaining their application to IT specialists while the IT specialists were explaining the grid to the biologists, providing an unprecedented level of cross dissemination among disciplines.

The experimental biologists came from the Network of Excellence on "New Electron Microscopy Approaches for studying protein complexes and cellular supremolecular architecture", the Bioinformaticians from the "EMBRACE" Network of Excellence on Grids for Bioinformatics ("An European Model for Bioinformatics Research and Community Education") and the Information Technology specialist from the EGEE project.

At the end of one week interactive course most mixed teams experimental biologist-computer scientist were able to use the computational world wide Grid of the EGEE project, submitting their works and monitoring their execution.

III Jornadas Científico Técnicas en Servicios Web y SOA

2007-03-02T07:15:00.000-08:00

El interés por los Servicios Web y las Arquitecturas Orientadas a Servicio (SOA) continúa en claro crecimiento, tanto en ámbitos de empresa como académicos. A pesar de los continuos avances significativos, tanto desde el punto de vista conceptual como tecnológico, todavía es necesario un esfuerzo extra para alcanzar un grado de madurez que facilite el desarrollo de sistemas software complejos. Por este motivo, continuando el éxito de ediciones anteriores, esta tercera edición de las jornadas pretende colaborar activamente en este esfuerzo, siendo un punto de referencia para profesionales, empresas e investigadores interesados en el uso y la adopción de la plataforma de Servicios Web y de SOA.

En general, las jornadas tienen como objetivo estrechar los lazos entre el mundo de la industria y el entorno universitario, acercando los resultados de la investigación a las empresas y creando un marco de colaboración que facilite la transferencia de tecnología, conocimiento y experiencias prácticas.

Las Jornadas están por tanto dirigidas, pero no limitadas, a grupos tales como:

Profesionales, consultores y analistas dedicados a/o que estén considerando el desarrollo o la implantación de aplicaciones software basadas en Servicios Web y arquitecturas SOA.
Grupos de investigación en las áreas de Servicios Web, arquitecturas orientadas a servicios, middleware o servicios Grid, que desean mostrar los avances realizados en esta área.
Grupos de investigación científica que utilicen infraestructura informática basada en servicios Grid, Servicios Web o arquitecturas orientadas a servicios.

La organización de CEDI está especialmente interesada en la participación de Latinoamérica. Por ello, para facilitar la asistencia de profesores e investigadores de Latinoamérica que tengan aceptada alguna comunicación en el CEDI, se está gestionando la obtención de ayudas de unos 350 euros para financiar la inscripción completa y alojamiento (en un Colegio Mayor de la Universidad de Zaragoza) de los que así lo necesiten. Por otra parte, CEDI ha acordado con Iberia y Renfe descuentos especiales para las personas inscritas en el Congreso (30% o 25 %).

Iberian Grid Infraestructure Conference

2007-02-28T08:25:00.000-08:00

Program here

Conference Aim:

The conference aims to foster and promote R&D activities in Iberian countries and their links to Latin America, by bringing together academics that are cooperating in computer and computational sciences applied to grid infrastructures and technologies. With this in mind, IBERGRID intends to provide researchers and practitioners with an excellent opportunity to share their research, experiences and new approaches, expecting to show a comprehensive view of the benefits of grid computing for the Iberian research community and leverage the construction of a common Iberian Grid Infrastructure.

Topics of Interest:

Areas of interest include, but are not limited to, the following:

Grid Middleware, Grid Computing, Data and Networking Infrastructures, Distributed and Large-Scale Data Access and Management, Distributed Resource Management and Scheduling, Supercomputer/cluster/grid integration issues, Grid Applications including e-Science and e-Business (e-health, environmental sciences, climate modelling, civil protection, computational sciences, high energy physics, e-administration…).

Additionally, papers describing ongoing Grid projects and networks, as well as experiences about regional, national or international grid infrastructure deployment are also welcomed (special attention will be paid to Latin-American experiences and projects).

Priority will be given to collaborative work between cross country R&D institutions with a clear interest in the creation of an Iberian infrastructure for distributed computing.

Questions about the conference scope should be directed to the programme co-chairs at program@ibergrid.eu (Javier G. Tobío - CESGA and Ramón Doallo - UDC)

BioGridNet

2007-02-19T08:00:00.000-08:00

"Evolución de las Aplicaciones Bioinformáticas sobre Servicios de Red y Computación Distribuida Grid"

Programa de Actividad de I+D entre Grupos de Investigación de la CAM. Referencia: S-0505/TIC-0101
Direccion General de Universidades e Investigación. (Consejería de Educación de la CAM)

EGEE Bioinformatics Meeting #3, Valencia, 6-7 march 2007

2007-02-14T04:58:00.000-08:00

http://gbio.ibcp.fr/egee/EGEE-Bioinfo3/Bienvenue.html

Bioinformatics is a major application area for the EGEE project. The bioinformatics sector targets gene and protein sequences analysis. It includes genomics, proteomics and phylogeny. The bioinformatics applications are now establishedas regular users of the infrastructure. The main goal of the Bioinformatics Activity in EGEE is to build a bioinformatics community around the EGEE platform.

Our next meeting will take place on March 6-7 in Valencia, hosted by Vicente Hernandez and Ignacio Blanquer at UPV. As discussed at last meeting in Lyon, there will be one full day for the meeting itself, and one half-day for a tutorial Â about the ETICS software. Â As on each meeting , one part of the agenda is dedicated to the report of your applications. So I propose to include a demo in the report that you will do in Valencia. It will be a good rehearsal to have a pool of demo available to demonstrate the grid-added value for our applications.

Nuevas instalaciones científicas singulares

2007-02-14T04:04:00.000-08:00

Comunidades y Gobierno central pactan la construcción de infraestructuras por valor de 500 millones

Veintitres infraestructuras científicas singulares se construirán en España hasta 2010, distribuidas por las comunidades autónomas, y se sumarán a la treintena ya existente. Esta nueva hornada de instalaciones, que casi dobla el número de las existentes, es el fruto de más de un año de contactos y negociaciones entre el Ministerio de Educación y Ciencia y las comunidades autónomas "con el objeto de contribuir al equilibrio interterritorial, facilitando el crecimiento científico, tecnológico e industrial de la región donde se instale", según un documento de trabajo, y fue aprobada en la reciente conferencia de presidentes autonómicos.

La inversión total representa unos 500 millones de euros, y el programa tiene la peculiaridad de que cada instalación será financiada al 50% por el Gobierno central y el autonómico y que existe el compromiso de que las instalaciones estén disponibles para la comunidad científica nacional e internacional.

Son infraestructuras de diverso tamaño e importancia que han pedido las comunidades tras una consulta por regiones a la comunidad científica y ha coordinado y seleccionado técnicamente el ministerio. Todas las comunidades construirán al menos una, con la excepción de La Rioja, aunque el proceso sigue en marcha para nuevas instalaciones, explica Miguel Ángel Quintanilla, secretario de Estado de Universidades e Investigación. Destaca el número elevado dedicado al estudio de costas, mares y recursos hídricos.

En España existen ya 23 instalaciones científicas y técnicas de carácter singular y otras pocas se encuentran en proceso de reconocimiento o finalización. Se han ido haciendo sin una planificación general, casi todas a partir de los años ochenta. Su reconocimiento depende de la Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología, asesorada por un comité que preside el científico Avelino Corma, que también supervisará las fases siguientes, de diseño y desarrollo, a la decisión política ahora tomada.

Las nuevas instalaciones, agrupadas por comunidades, son:

- Andalucía. Energías Renovables. Son en realidad dos instalaciones, de energía eólica y energía de la biomasa, complementando las actividades en energía solar de la Plataforma Solar de Almería. Estarán situadas en una zona próxima al estrecho de Gibraltar y en Jaén, respectivamente.

Datos y Servicios para las Ciencias Sociales, en Córdoba. Cubrirá un vacío en España, según el modelo internacional.

- Aragón. Microscopía con Microscopio Titán, en Zaragoza. Tiene como objetivo aunar técnicas de microscopía electrónica y de sonda local que cubrirán un amplio rango de caracterización de la materia a escala atómica.

- Asturias. Sistema de Observación Costero. Para la recogida de datos físicos, biológicos, geológicos, atmosféricos, etcétera, de forma continuada y fiable, de utilidad para la investigación y la gestión del medio.

- Islas Baleares. Plataforma Tecnológica Litoral. Se extiende desde la línea de costa y la playa emergida hasta el límite exterior de la plataforma continental. Dedicará especial atención al análisis de la vulnerabilidad de la zona al cambio climático y al desarrollo de nuevas herramientas para una gestión sostenible e integrada del litoral.

- Islas Canarias. Plataforma Oceánica, sobre el borde de la plataforma continental en aguas próximas a Gran Canaria. Desde ella se iniciará una ocupación y operación oceánica estables y se accederá al océano profundo con toda clase de vehículos e instrumentos.

- Cantabria. Gran Tanque de Ingeniería Marítima. Será el único en su género en España y uno de los pocos existentes en el mundo. Tendrá aplicación en el modelado físico de problemas en aguas profundas y someras.

- Castilla-La Mancha. Tecnología del Hidrógeno y Pilas de Combustible, en Puertollano. Pretende ser un referente experimental nacional para los desarrollos en los sectores públicos o privados relacionados con las tecnologías de producción, almacenamiento, transporte, distribución y uso.

- Castilla y León. Láseres Pulsados Ultraintensos. Incluirá un láser con una potencia entre las 10 mayores del mundo, el Láser de Petavatio compacto, con múltiples aplicaciones.

- Cataluña. Instalación de Biología Estructural Proteómica conectada al Sincrotrón ALBA.

Plataforma Mouse Clinics. Para el fenotipado del ratón con alto rendimiento.

- Extremadura. Instalación GRID, en Trujillo. Para impulsar las grandes redes de comunicación y optimizar los recursos informáticos en estudios complejos.

- Galicia. Supercomputador Finis Terrae, en Santiago de Compostela. Para el cálculo científico y técnico en supercomputación de memoria compartida.

Unidad Oceanográfica, en Vigo. Para proporcionar soporte logístico, técnico y tecnológico para el desarrollo de la investigación marina en la costa nororiental española y en el Atlántico.

- Madrid. Fusión. Proyecto de investigación adicional al reactor experimental internacional ITER que trata el desarrollo de tecnologías necesarias para los futuros reactores de fusión.

Tratamiento de Imagen Médica. Acogerá instalaciones de resonancia magnética, tomografía computadorizada por rayos X e imaginería óptica y magnetoencefalografía, entre otras.

- Murcia. Investigación marina, en Cartagena: acuicultura, ecología marina y tecnología naval y del mar, y proporcionará servicios de alto nivel a los sectores económicos relacionados con el mar.

Plataforma de investigación en Recursos Hídricos: uso sostenible y optimización del uso del agua y del suelo, reutilización del agua y minimización de vertidos y obtención de agua dulce.

- Navarra. Imagen Médica y Diagnóstica. Nuevos métodos de estudio de los procesos biológicos, así como su aplicación para el diagnóstico y seguimiento de enfermedades.

Biocombustibles. Mejora de la eficiencia energética del biodiésel y el bioetanol y para el aprovechamiento de subproductos.

- País Vasco. Instalación de Imagen Molecular para investigación en biomateriales.

- Valencia. Física Médica. Aplicaciones de las técnicas de física de partículas y nuclear a la terapia y el diagnóstico de enfermedades oncológicas y neurodegenerativas.

Instalación de Ensayo de Motores para la Industria de Automoción, Naval y Aeronáutica. No existe ninguna en España.

Extended deadline - CfP (IEEE CBMS-07) Grids for Biomedicine and Bioinformatics Special Tracks

2007-01-29T01:52:00.000-08:00

Grids for Biomedicine and Bioinformatics

CALL FOR PAPERS

Biomedicine and Bioinformatics are quickly evolving into a research field that encompasses the use of all kinds of biomedical information, from genetic and proteomic data to image data associated with particular patients in clinical settings.
Biomedical Informatics comprises the fields of Bioinformatics (e.g., genomics and proteomics) and Medical Informatics (e.g., medical image analysis), and deals with issues related to the access to information technology in medicine, the analysis of genomics data, security, interoperability and integration of data-intensive biomedical applications.

Main issues in this field are:

Integration of multiple laboratories that collect large amounts of biomedical data (genomics, post-genomics, biomedical images and signals), so that researchers can: continue to maintain their own biomedical and computing resources autonomously; face effectively the growth of data they need to manage and process, exploiting recent methods such as data mining, taking into account that biomedical data are produced and stored continuously; and integrate and share data and findings in a controlled manner. Provision of large computing power such that researchers have access to high performance distributed computational resouces for computationally demanding data analysis, e.g., medical image processing and simulation of medical treatment or surgery; large storage capacity and distributed databases for the efficient retrieval, annotation and archiving of biomedical data.

What is missing today is:

: the full integration of methods and technologies to enhance all phases of biomedical informatics and health care, including research, diagnosis, prognosis, etc.;
the dissemination of such methods in the clinical practice, whenever they are developed, deployed and maintained.

The grid paradigm offers CPU and data handling capabilities and allows users and laboratories to share their facilities (computing and data storage resources, instruments, knowledge, etc.) through high bandwidth networks between dynamically formed Virtual Organizations.
Grid middleware currently offers basic services for Grid management, and application development and deployment. To face the complexity of novel, cooperative, distributed Health and Bioinformatics applications, new specialized Grid services have to be developed: in such a way Grids can be deployed to address the needs of the biomedical community.
The goal of this Conference Track is to discuss well-known and emerging biomedical data-intensive systems in the context of Grids and to analyse technologies and methodologies useful to develop such systems in these environments. In particular, this track aims at offering a high level forum for exchanging information, ideas, techniques and software on how to progress in this rapidly evolving field, in order to support the advance in scientific research education as well as industrial applications.

TOPICS OF INTEREST include, but are not limited to:

Grid Infrastructures for Biomedical Data Analysis and Management
Problem Solving Environments for Biomedical and Bioinformatics Applications
GRID based application in life science
Workflow application for complex analysis processes
High Throughput for in-silico virtual screening
Grid Computing Infrastructures, Middleware and Tools for Healthcare
Grid Computing Biomedical Services
Collaboration Technologies
Databases and the Grid in the Biomedical Field
Extracting Knowledge from Biomedical Data Grids
Data Grids for Bioinformatics
Grid Architectures for Interactive Biomedical Applications
Grid Architectures and Solutions for Data-Intensive Biomedical Applications
Grid-based Biomedical Informatics Interoperability
Security in Biomedical Data Grids
Semantic Grids for Multimedia Biomedical Data
Ubiquitous Access to Grid-enabled Applications in Biomedicine
High-performance Computing for Data-Centric Biomedical Applications
Grid-based Visualization of Biomedical Data
Integration of Grid-enabled Applications into Clinical Practice

IMPORTANT DATES

~~January 31, 2007~~ February 15, 2007	Submission of (6-page, maximum) paper - Extended deadline
March 15, 2007	Notification of acceptance
April 15, 2007	Final camera-ready paper due
April 15, 2007	Pre-registration deadline

You must pre-register to have your paper published in the proceedings. If you only plan to attend and are not submitting a paper, pre-registration is still strongly encouraged. This conference is space-limited, and registration may not be available on-site.

Workflows over Grid-based Web services: General framework and a practical case in structural biology

2007-01-11T03:33:00.000-08:00

EMBRACE COURSE

The EMBRACE course on " Workflows over Grid-based Web services: General framework and a practical case in structural biology" is aimed at people who are interested in knowing more about key emerging technologies in Bioinformatics, such as workflows, web services and massively distributed Grid computing, with a combination of theory and practical hands-on implementation sessions, and the addressing of a practical case in the field of Structural Biology.

The course will run in parallel during the first four days with a course organized by the NoE on Three-dimensional Electron Microscopy (3DEM). During the fifth day, Friday, attendees of both courses will join, together with representatives of the EGEE Grid Project, for a live, hands-on session demonstrating actual practical use of the Grid to solve an experimental 3DEM case. It is expected that through this unique practical experience we will all learn more about the possibilities and limitations of today's computational Grid technology and its impact on end users.

Madrid acoge la Conferencia española de e-ciencia en computación Grid

2007-01-11T02:30:00.000-08:00

Región Digital

Este método de computación Grid va a suponer una nueva revolución en el mundo de las Tecnologías de la Información y de las Comunicaciones, así como un paso más en la igualdad de recursos tecnológicos.

El Centro de Investigaciones Energéticas, Medioambientales y Tecnológicas (CIEMAT) y el Centro Extremeño de Tecnologías Avanzadas (CETA-CIEMAT) organizan los próximos días 1 y 2 de marzo en Madrid la Conferencia Española de e-Ciencia en Computación Grid.

Según ha informado la Universidad de Extremadura (UEx), esta tecnología permite conectar, a través de redes de comunicación, Internet y recursos informáticos distribuidos en un país o en todo el mundo; y compartir principalmente procesadores, memoria y disco, formando así un superordenador de coste razonable donde poder ejecutar aplicaciones científicas, industriales y sociales en muy poco tiempo y utilizar conjuntamente grandes volúmenes de datos.

Además, este método va a desempeñar un papel relevante en todas las áreas científicas, industriales y sociales donde se necesite una gran capacidad de procesamiento y almacenamiento de datos, así como importantes avances en campos como la biomedicina, la física, la ingeniería, el cambio climático, entre otros.

Por otro lado, la computación Grid permitirá a países con escasos recursos económicos aprovechar su potencial, sin necesidad de costosas inversiones en hardware.

De este modo, el desarrollo de la e-Ciencia va a suponer un gran impacto científico, tecnológico y social, lo que redundará en la calidad de vida de los ciudadanos en los próximos años.

Cabe señalar que CIEMAT y CETA organizan esta conferencia internacional con la finalidad de mostrar las más importantes redes de computación Grid actualmente activas en el mundo.

Los neandertales y los humanos modernos comparten el 99,5% de su genoma, según un estudio

2006-11-16T02:47:00.000-08:00

Diversos grupos utilizan el grid computing aplicado a la genómica

EFE

Las secuencias genéticas del hombre de Neandertal y del hombre moderno comenzaron su evolución por separado hace aproximadamente 500.000 años, según estima un grupo de científicos, que ya han secuenciado un millón de letras del genoma de esta especie de homínidos, en un estudio que publica esta semana la revista británica Nature. Los neandertales son la especie extinta de homínidos más estrechamente relacionada con el hombre moderno, por lo que descifrar su genoma aportará una valiosa información sobre la evolución genética del ser humano, según ha explicado el director del estudio, el genetista Svante Paabo.

La investigación dirigida por Paabo, del Instituto Max Planck de Antropología Evolutiva de Leipzig (Alemania), se hace pública cuando se cumplen 150 años del hallazgo en el valle del río Neander (Neandertal en alemán) de los primeros fósiles de ese homínido. Desde hace 400.000 años, de cuando datan los restos fósiles de neandertales más antiguos, hasta su extinción hace unos 30.000 años, esos homínidos desarrollaron rasgos morfológicos que le hicieron cada vez más diferentes de los ancestros del hombre moderno que estaban evolucionando en África.

¿Hubo cohabitación?

El carácter de la interacción entre los neandertales y los hombres modernos, que se expandieron desde África hace entre 40.000 y 50.000 años y sustituyeron eventualmente a los neandertales así como a otros homínidos arcaicos, es aún objeto de debate. Aunque no hay prueba de cohabitación entre las dos especies en ningún yacimiento concreto, sí hay evidencias de solapamiento geográfico y temporal antes de la desaparición de los neandertales, según los autores del estudio. Además, algunos grupos tardíos de neandertales adoptaron rasgos culturales, como la decoración corporal, "potencialmente a través de interacciones culturales con los nuevos modernos humanos".

Tras someter a prueba a más de 70 muestras de diferentes yacimientos de Europa y Asia Occidental, entre ellos la cueva de El Sidrón, en Asturias, los científicos analizaron el fósil de un Neandertal de hace 38.000 años encontrado en la cueva de Vindija en Croacia, que estaba "excepcionalmente libre de contaminación del ADN del hombre moderno", según los científicos. Los expertos analizaron más de un millón de parejas bases de ADN, que suponen sólo un 0,03% de los 3.200 millones que componen el genoma completo del Neandertal, y compararon después los resultados con la secuencia genética del ser humano y el chimpancé.

Según el estudio, si el momento en que se produjo la separación entre los ADN de los humanos y los chimpancés se considera que se produjo hace 6,5 millones de años, el que corresponde a la divergencia entre la secuencia genética de humanos modernos y neandertales se cree que tuvo lugar hace una media de 516.000 años, ya que oscilaría entre hace 465.000 y 569.000 años. Ese divorcio entre los linajes del homínido y el hombre moderno depende, a juicio de los científicos, de la separación evolutiva entre el chimpancé y el ser humano, "que es una fuente de incertidumbre mucho mayor". El estudio indica que las poblaciones de neandertales pueden haberse expandido desde poblaciones de pequeño tamaño, al igual que ocurrió con el hombre moderno.

Terminado en dos años

"Esto puede ser una diferencia entre los homínidos y los simios, que no se expandieron de la misma forma a partir de pequeñas poblaciones", explica Paabo. Los autores del estudio se proponen descifrar por completo el código genético del Neandertal y esperan tenerlo listo dentro de dos años. "Esto nos permitirá, para cada secuencia diferente entre los genomas de los chimpancés y los humanos, decir si ocurrieron antes o después de que nos separáramos de los neandertales. Además, podremos ofrecer un catálogos de todos los cambios que son únicos del hombre moderno", indicó Paabo.

Richard Ed Green, otro de los científicos que ha participado en el estudio, destacó, por su parte, la importancia de lograr el genoma completo del Neandertal. "Podremos comparar las secuencias genéticas de los neandertales y los humanos para aislar los cambios genéticos que ocurrieron en los últimos cientos de miles de años de la evolución humana, que son los responsables únicos de los últimas modificaciones evolutivas del hombre moderno", explicó. Por ejemplo, "esos cambios podrían sustentar aspectos como la increíble capacidad que tenemos los humanos para transmitir información culturalmente", indicó.

Explosión primitiva en laboratorio: el experimento mundial más grande

2006-11-16T02:19:00.000-08:00

Toda la información sobre el LHC en su propia web

El Gran Colisionador de Hadrones (en inglés LHC) en Wikipedia

Milenio.com

Al encender una máquina en 2007, los científicos esperan obtener no sólo gran cantidad de respuestas a preguntas básicas de la física, sino también lograr una comprensión más profunda del Universo.

Ginebra.- La explosión primitiva en el laboratorio sólo tiene un poco más de energía que el choque de dos mosquitos. Pero encerrado en un tamaño que es una millónesima del de un mosquito se despliega un calor infernal, que debe acercar a los investigadores al nacimiento del cosmos como nunca antes.

Para ello se desarrolló en Ginebra el experimento más grande que el hombre construyó jamás. En el acelerador de partículas subterráneo de 27 kilómetros de largo llamado “Large Hadron Collider” (LHC - Gran Colisionador de Hadrón) chocarán núcleos de átomos de hidrógeno con una violencia nunca antes alcanzada.

Se requieren aparatos del tamaño de edificios para captar los fragmentos de la colisión. Cuando la máquina del Laboratorio Eulas (CERN) sea encendida en el otoño (boreal) de 2007, los científicos esperan obtener no sólo gran cantidad de respuestas a preguntas básicas de la física, sino también lograr una comprensión más profunda del Universo.

Hasta la actualidad sigue siendo un enigma por qué después de la explosión primitiva quedó en realidad materia, a partir de la cual con el transcurso de los eones se pudieron formar las estrellas, los planetas, los árboles y finalmente también el hombre.

En el nacimiento del cosmos se deberían haber formado materia y antimateria en cantidades iguales, de tal manera que a continuación se deberían haber destruido mutuamente por completo. “La pregunta es finalmente: ¿Por qué existimos? Eso es totalmente misterioso”, dijo el físico alemán Siegfried Bethke, que participa en el detector ATLAS para el LHC. “En realidad no tendríamos que existir. Eso es motivo suficiente como para investigar”.

El despliegue para ello es inmenso: En funcionamiento, el LHC de 120 megavatios tiene el mismo consumo de energía que la ciudad de Ginebra, que tiene 160,000 habitantes.

Un campo magnético, 100,000 veces más intenso que el terrestre, obliga a seguir una trayectoria a los protones, que van casi a la velocidad de la luz. Toda la instalación cilíndrica, que se encuentra a hasta 150 metros debajo de la superficie terrestre, debe ser enfriada a hasta unos 271 grados Celsius bajo cero. “Eso es algo más frío que en el espacio exterior”, dijo el secretario general del CERN, Maximilian Metzger. Sólo en condiciones de muy bajas temperaturas, los 1.800 imanes especiales pueden generar la intensidad del campo magnŽtico necesario.

Como sustancia enfriante se utilizan unas 100 toneladas del gas noble helio, cuyo costo es de 40 euros (51,2 dólares) por kilogramo. Solamente el enfriamiento demora entre dos y tres semanas.

Hasta 300 billones de núcleos de hidrógeno (protones) circularán en el LHC. El rayo de protones debe ser controlado con exactitud, porque a pesar de que los veloces núcleos atómicos en el LHC juntos no pesan ni una milmillonésima de gramo, tienen aproximadamente tanta energía como un tren de carga de 800 toneladas a 100 kilómetros por hora.

“Cuando se pierde el rayo, se destruye la máquina”, explicó Verena Kain, del Centro Control del CERN, que manejará el acelerador de partículas. En total varios miles de científicos participan en el experimento.

Toda la instalación cuesta 4,000 millones de euros (5,120 millones). Sólo el anillo acelerador costó 3,000 millones de euros.

La máquina de la explosión primitiva producirá cada segundo 600 millones de colisiones de partículas. Cuatro detectores gigantes subterráneos, ALICE, ATLAS, CMS y LHCb, registrarán las huellas de los fragmentos de la colisión, en los que los físicos buscarán nuevos fenómenos de materia, energía, espacio y tiempo.

ATLAS, con 46 metros de largo y 25 metros de altura -como un edificio de cinco pisos- es el detector de partículas más grande del mundo.

Sin embargo, las mediciones de las colisiones de las partículas no pueden ser almacenadas en su totalidad. El caudal de datos será filtrado en el propio detector. “Buscamos sólo un buen registro en 10 billones de instantáneas”, explicó Bernd Panzer del centro de cálculos del CERN. Aproximadamente se almacenará un CD-ROM por segundo, lo que representa a unos 15 petabyte en el año, una cantidad comparable con toda la información en la World Wide Web.

El CERN solo no puede procesar todos estos datos. Por este motivo, los investigadores crearon el GRID, una infraestructura que reúne a computadoras en todo el mundo para conseguir la capacidad informática necesaria.

Para aprovechar además del capacidad ociosa de los ordenadores privados, los físicos lanzaron el proyecto LHC@home. Una computadora participante recibe a través de Internet un conjunto de datos, realiza los cálculos cuando no está trabajando y a continuación envía de regreso el resultado. De esta manera, cada computadora que tiene acceso a Internet puede participar un poco en el viaje de descubrimiento de la explosión primitiva.

La UEx organiza una mesa redonda y un taller sobre las aplicaciones de la tecnología GRID

2006-11-02T02:44:00.000-08:00

Cibersur.com

La computación GRID trata de utilizar recursos de computación dispersos, conectados en una red, para resolver problemas de gran escala, problemas de tal nivel de complejidad, que no pueden ser resueltos por los Supercomputadores actuales más potentes. Uno de los proyectos GRID más conocidos, aunque no el primero, es el proyecto SETI lanzado a finales de los 90, con el objetivo de búsqueda de inteligencia extraterrestre, mediante análisis de ingentes cantidades de datos. Problemas de todo tipo, desde investigación sobre plegado de proteínas, física de partículas, biomedicina, están encontrando una ayuda inestimable en las tecnologías GRID.

Esta jornada-taller pretende mostrar a los grupos de investigación de nuestra comunidad la potencia de la tecnología GRID, así como las herramientas necesarias para poder aplicarla de forma efectiva. La mesa redonda que se celebrará el 7 de noviembre en el Centro Universitario de Mérida, mostrará una panorámica general de la tecnología y también los recursos disponibles en nuestra región, al servicio de todos los investigadores que los necesiten. En ella participarán Juan Manuel Sánchez Pérez, Universidad de Extremadura, Miguel Cárdenas Montes, CETA-Ciemat, Germán Galeano Gil, Junta de Extremadura, Francisco Fernández de Vega, UEx, y Carlos García Orellana, UEx.

Del 8 al 10 de noviembre en el Centro Universitario de Mérida se celebrará un taller de trabajo con tecnologías GRID, donde se realizará una introducción al uso y ampliación de estas tecnologías a los problemas que a diario enfrentan los investigadores, y que requieran grandes recursos de computación. El número de plazas para el taller es muy limitado (20 plazas). Las solicitudes de inscripción deberán dirigirse directamente a la cuenta de correos: jlguisado@unex.es

Los ponentes en este taller serán: Miguel Cárdenas, Manuel Rubio, Raúl Ramos, y F. J. Pérez, de CETA-Ciemat, Jesús Casado, del Ciemat, y José Luis Guisado, Francisco Chávez y Carlos García, de la UEx.

Esta actividad está patrocinada por CIEMAT, Proyecto EELA y la Universidad de Extremadura.

Computación Grid: Más allá de los superordenadores

2006-10-30T01:29:00.000-08:00

Borja Sotomayor

Una vez más, os recomendamos el interesantísimo blog de Borja

Departamento de Ciencias de la Computación de la Universidad de Chicago

CHICAGO. Cuando Charles Babbage diseñó la primera computadora programable a mediados del sigo XIX, lo hizo con el propósito de resolver eficientemente un problema contemporáneo: la tabulación de fórmulas matemáticas que, hasta entonces, eran calculadas manualmente por operadores humanos (llamados «computadores»). Babbage fue un pionero de la informática, y sus ideas permanecieron relativamente en la oscuridad hasta que, más de 100 años después, se construyeron los primeros ordenadores electrónicos. Nuevamente, la principal motivación fue un problema especialmente importante en esos tiempos: descifrar los códigos de la Alemania nazi durante la Segunda Guerra Mundial.
Desde entonces, la informática ha evolucionado mucho, y también lo han hecho los problemas que deben resolver los ordenadores. En lugar de tabulaciones matemáticas o mensajes cifrados, ahora los ordenadores se enfrentan a nuevas tareas, como el análisis de las partículas más fundamentales del universo y complicadas simulaciones de modelos medioambientales. Para abordar estos problemas, se construyen enormes supercomputadores, miles de veces más potentes que nuestro ordenador de sobremesa, capaces de realizar billones de operaciones por segundo. Sin embargo, nuestro afán por el conocimiento, por el planteamiento de nuevos y emocionantes problemas que resolver, evoluciona más rápidamente que la informática, y a veces nos encontramos con que estos gigantes computacionales resultan insuficientes y hay que saltar al siguiente nivel: la Computación Grid (Grid Computing).

Para explicar lo que es la Computación Grid conviene utilizar un ejemplo de un problema de proporciones gigantescas. Un buen ejemplo, que a estas alturas se ha convertido en el «embajador de la Grid» para los no-iniciados, es el Large Hadron Collider (LHC), un acelerador de partículas con una circunferencia de 27 km cuya construcción se realiza en el CERN (el Centro Europeo de Investigaciones Nucleares), cerca de Ginebra. Cuando el LHC entre en funcionamiento el año que viene, los experimentos que se realizarán en el acelerador producirán 15 petabytes de información cada año (un petabyte equivale a 1.048.576 gigabytes; un disco duro típico de sobremesa suele rondar los 150-300 gigabytes). Esta información tiene que ser almacenada y procesada, y eso resulta inabordable en un único centro de cálculo, ya que sería necesario equipar al CERN con una potencia de cómputo varios ordenes de magnitud mayor de la actualmente disponible, una opción impracticable tanto a nivel técnico como económico.

Complicación del «reparto»

La Computación Grid es un modelo de computación relativamente nuevo que plantea repartir el cómputo de estos problemas entre recursos computacionales (como supercomputadores, clusters de ordenadores, etc.) distribuidos en diversas organizaciones. Conceptualmente, es una solución muy sencilla, un «divide y vencerás» de toda la vida: si no podemos resolver el problema en un único lugar (Ginebra), pues lo repartimos entre centros de cálculo de toda Europa, cuya unión sí da cabida a las necesidades computacionales del LHC. Esta unión de recursos de distintas organización es lo que habitualmente se denomina una «grid» computacional.

Sin embargo, en la práctica, realizar este «reparto» es técnicamente muy complicado. Por ejemplo, supongamos que queremos distribuir un enorme cómputo entre centros de cálculo situados en distintos paises. ¿Cómo «dividimos» el problema? Y una vez dividido, ¿cómo realizamos el reparto de las distintas subtareas? ¿Cómo conseguimos que los distintos centros de cálculo (cada uno con distintos tipos de máquinas, redes, sistemas operativos, etc.) se comuniquen entre ellos? Desde el punto de vista de alguien que cede parte de sus recursos a una grid, ¿cómo garantizamos que nadie abusa de esos recursos que se están cediendo? ¿Cómo mover las enormes cantidades de datos de un centro a otro? La Computación Grid se encarga de responder a estas y muchas otras preguntas.

Primeros frutos

Por supuesto, dicho todo esto, puede parecer que la Computación Grid no es más que pura fantasía, o algo que difícilmente puede afectar al público general (al fin y al cabo, no es habitual tener un acelerador de partículas en el salón de casa...). Sin embargo, hace tiempo que la Computación Grid dejó de ser una tecnología experimental, y actualmente ya se utiliza para mejorar la calidad investigadora de muchos proyectos en todo el mundo. El LHC, por ejemplo, se valdrá de una grid europea, fruto del proyecto EGEE, que une los recursos computacionales de más de 100 centros de cálculo alrededor de todo el mundo (la mayoría situados en Europa).

Eso sí, la Computación Grid no se limita a resolver enormes problemas, como los planteados por el LHC. También puede proporcionar potencia computacional sobre demanda a proyectos más modestos. De hecho, el término «Grid» se originó por analogía a la red eléctrica («Electrical Grid»). Cuando nosotros necesitamos electricidad, evidentemente no necesitamos contar con nuestro propio generador eléctrico.
Sencillamente nos conectamos a la red eléctrica, que nos proporcionará la potencia que nos hace falta, y que se habrá originado en una central eléctrica que atiende las necesidades de muchos usuarios. La Computación Grid, en esencia, permite que un usuario tenga acceso a toda la potencia computacional que necesita (la «electricidad»), pero sin tener que disponer de un supercomputador propio (la «central eléctrica»). Así pues, hay muchas Grids alrededor del mundo, tales como EGEE (en Europa) y TeraGrid (en EEUU) que proporcionan una valiosa infraestructura a distintos proyectos relacionados con bioinformática, astrofísica, química computacional, finanzas y muchas otra áreas. Las grids como EGEE y TeraGrid afectan al público general indirectamente al mejorar los recursos de los que disponen científicos que trabajan en problemas que, de una manera u otra, acaban afectándonos. Sin embargo, también hay grids centradas en solucionar problemas que afectan más directamente a la sociedad, como caBIG (Cancer Biomedical Informatics Grid), una Grid para aunar recursos en la lucha contra en cancer, y NEES (Network for Earthquake Engineering Simulation), una red de investigación que utiliza una infraestructura grid para la simulación de terremotos.

El futuro: «La Grid»

La Computación Grid, a pesar de ser una tecnología con bastante madurez, sigue estando en constante evolución. Actualmente existen muchas grids computacionales (como EGEE y TeraGrid), construidas para dar salida principalmente a problemas científicos, pero todavía no existe «La Grid». De la misma manera que internet nació en el ámbito científico para luego llegar al público general, lo mismo puede esperarse, a largo plazo, de la Computación Grid. Cuando la tecnología madure lo suficiente, será posible que cualquier usuario, desde su ordenador personal de casa, pueda enviar complejos trabajos computacionales a «La Grid», como si tuviésemos un supercomputador en el salón de casa.

La biología se está matematizando

2006-10-25T02:39:00.000-07:00

Encontramos esta interesante entrevista en El País

Hace seis años, el matemático italiano Luigi Preziosi, del Politécnico de Turín, se sentó por primera vez a la mesa con un biólogo, que investigaba el desarrollo de los vasos sanguíneos. "Al principio no entendía nada", asegura. Pero Preziosi acabó desarrollando un modelo matemático que "sugirió a los biólogos cuáles eran los mecanismos para formar los vasos, de forma que ellos fueron al experimento y efectivamente los encontraron", explica. "El paso siguiente es cómo hacer que se formen las estructuras que queremos, y así ya entramos en la medicina regenerativa y la ingeniería de tejidos", prosigue. Es sólo un ejemplo de lo mucho que, según Preziosi, pueden aportar las matemáticas a la biología. Él coordina una red europea para desarrollar modelos matemáticos del cáncer en la que participan grupos españoles. Preziosi intervino en la Escuela Lluis Santalo, en la Universidad Internacional Menéndez Pelayo, en Santander.

Pregunta. La red que coordina, ¿por qué se ha concentrado en tumores? ¿Son más sencillos de abordar matemáticamente que otras enfermedades?

Respuesta. En absoluto. También hay mucho trabajo en enfermedades cardiovasculares. Éstas y el cáncer no es que sean más fáciles de abordar, es que son las enfermedades que más muertes causan. En general, cuando se toca la biología, la matemática se vuelve muy compleja. Trabajar con algo vivo, que cambia constantemente, complica mucho las cosas.

P. ¿Cómo se hace un modelo matemático para la medicina?

R. Lo primero es hablar con los médicos. Hay que entender cuáles son las variables esenciales, porque no se puede modelizar todo, y escoger los fenómenos que hacen cambiar a estas variables. Luego se determinan las ecuaciones. También aquí se elige el tipo de modelo que se va a desarrollar, porque no hay un único camino posible. Por eso somos varios grupos en la red, para comparar resultados.

P. ¿Cómo está seguro de que ha escogido las variables correctas?

R. El modelo se valida sobre casos conocidos y éste es el punto clave en cuanto a la interacción con los biólogos. El modelo reproduce lo que ve el biólogo en el experimento, pero lo bonito es que cambiando los parámetros se ven cosas distintas. Poner un número en vez de otro en el ordenador es muy sencillo y permite hacer experimentos virtuales. Así se pueden orientar los pasos de los médicos, probar primero lo que parece mejor.

P. ¿Permite saber cómo habría evolucionado un paciente con otra terapia?

R. Por ejemplo. Si tengo la historia de un paciente en principio podría cambiar el protocolo y ver si tal vez hubiera tenido una evolución distinta. Obviamente una cosa es hacerlo en un ordenador y otra muy distinta en vivo. No sólo por motivos éticos, sino por tiempo: en un ordenador tardo un día, en una persona, meses.

P. ¿Cómo de precisos son ahora estos modelos?

R. Algunos fenómenos se han comprendido mejor que otros. Hay modelos que predicen bastante bien cómo se comporta el tumor, y permiten predecir dónde están las células tumorales. Esto sirve para indicar hasta dónde cortar en el caso de una operación, porque dice si es más o menos probable que haya células tumorales lejos del tumor. También hay modelos que optimizan protocolos, sugieren cada cuánto dar el fármaco, cuándo ya no es útil... En Estados Unidos se contrata a matemáticos para esto. Trazando la historia pasada del paciente pueden decir si conviene una determinada terapia cada dos días, cada tres...

P. ¿Qué podrán llegar a hacer estos modelos en el futuro?

R. El matemático nunca podrá decir "usa este fármaco en vez de este otro". Es más fácil decir "si lo suministras cada dos días obtienes mejor resultado que si lo das cada cinco". Otro aspecto fundamental es que ahora, con la genómica y la proteómica, con la biología de sistemas, empieza a haber una cantidad enorme de datos que el biólogo no logra controlar. Ahí los modelos matemáticos orientarán sobre cuáles son los puntos fundamentales para actuar sobre la maquinaria de la célula, porque podrán señalar tal o cuál gen como candidato más probable a hacer esto o esto otro. Después el biólogo, claro está, debe hacer su trabajo.

P. ¿Cómo se trasladan a los modelos los nuevos conocimientos de la biología?

R. Sí, los biólogos siempre están aprendiendo cosas nuevas. Todos los resultados sobre redes de proteínas...hace cinco años no se sabía nada. Lo bueno es que son muy adecuadas para ser estudiadas matemáticamente: es una red, son relaciones lógicas. La biología se está matematizando, pero no hay que olvidar que el matemático nunca puede sustituir al biólogo.

NETTAB 2007: web semántica para la Bioinformática

2006-10-24T03:01:00.000-07:00

The NETTAB 2007 workshop will soon be officially announced through
many mailing lists and directory events.

It will be held on 12-15 June 2007, in Pisa, Tuscany,and it will
be focused on the development of a Semantic Web for bioinformatics
(see http://www.nettab.org/2007/ ).

Adjunct focus themes will be "Algorithms in Bioinformatics" and
"Formal Methods in Systems Biology".

Sessions will also be devoted to the general theme of the series
of workshops: "Network Tools and Applications in Biology".

This will be the seventh in a series of workshops that intend to introduce
and discuss the most innovative and promising network tools and applications
in bioinformatics.

Workshop's chairs are:
Paolo Romano, National Cancer Research Institute, Genoa, Italy
Michael Schroeder, TU Dresden, Dresden, Germany
Nicola Cannata, University of camerino, Camerino (MC), Italy
Oreste Signore, ISTI/CNR, Pisa, Italy

The local organization is co-ordinated by:
Roberto Marangoni, University of Pisa, Pisa, Italy

The vast majority of presentations and tutorials given at last NETTAB
2006 workshop are available on-line in the web site of the workshop.

You are welcome to navigate the scientific programme and presentations
at http://www.nettab.org/2006/Program.html .

GROCK: grid docking

2006-10-18T02:25:00.000-07:00

GROCK es un programan desarrollado por el Departamento de Bioinformática e Informática Científica del CNB (Centro Nacional de Biotecnología). Si necesitas un interfaz web amigable e intuitivo para lanzar de manera rápida y sencilla procesos de docking masivos a la Grid... GROCK es tu programa.

Podeis acceder a una completa demo del programa aquí

Dos eventos importantes: Inteligencia Artificial en Medicina y Parallel Biocomputing 2007

2006-10-18T02:20:00.000-07:00

11th Conference on: Artificial Intelligence in Medicine

AIME 07, 07-11 July 2007

Amsterdam, The Netherlands

Web site: http://www.aimedicine.eu/aime07

The AIME 07 conference will be held in Amsterdam starting from 07/07/07. AIME 07 is a unique opportunity to present and improve the international state of the art of AI in biomedical research from both perspectives of methodology and application. AIME 07 will include invited lectures, full and short papers, tutorials, workshops, and a doctoral consortium. The conference will be held in De Rode Hoed, which is a beautiful historic building in the centre of Amsterdam.

Program Committee Chair: Riccardo Bellazzi, University of Pavia, Italy

Local Organization Chair: Ameen Abu-Hanna, University of Amsterdam, The Netherlands

Doctoral Consortium Chair: Jim Hunter, University of Aberdeen, UK

1) INVITED SPEAKERS

We are happy to announce our keynote speakers:

Michael Berthold, University of Konstanz, Germany

Peter Szolovits, Massachusetts Institute of Technology, USA

2) CALL FOR PAPERS

Contact: Riccardo Bellazzi (aime2007@unipv.it , riccardo.bellazzi@unipv.it )

IMPORTANT DATES

23 January 2007 Abstract Submission deadline

31 January 2007 Paper Submission deadline

30 March 2007 Notification of acceptance

17 April 2007 Camera-ready papers deadline

09-11 July 2007 AIME 07 Scientific Sessions

Original long and short papers are sought on the development of theory, systems, and applications of AI in Medicine, including the exploitation of AI approaches to molecular medicine and biomedical informatics. Contributions to theory may include presentation or analysis of the properties of novel AI methods potentially useful in solving medical problems. Papers addressing theory should describe the development or the extension of AI methods and discuss the assumptions and limitations of the proposed methods and their novelty with respect to the state of the art. Papers addressing systems should describe the requirements, design and implementation of new AI-inspired tools and systems, and discuss their applicability in the medical field. Application papers should describe the implementation of AI systems to solve significant medical problems, and should present sufficient information to allow evaluation of the practical benefits of the system.

The scope of the conference includes topics such as:

Knowledge Acquisition and Management; Biomedical Ontologies and Terminologies; Machine Learning, Knowledge Discovery and Data Mining; Decision Support Systems; AI and Statistical Approaches: Decision Trees and Bayesian Belief Networks; Case-Based Reasoning, Neural Networks, Fuzzy Systems and Soft Computing; Spatial and Temporal Reasoning; Qualitative Modelling; Protocols, Guidelines, and Workflow Models; Natural Language Processing: Generation and Understanding; Biomedical Computer Vision, Imaging and Signal Interpretation; Intelligent Agents, Cooperative and Distributed Systems; Information Retrieval; Cognitive Modelling.

3) CALL FOR WORKSHOPS AND TUTORIALS

Contact: Ameen Abu-Hanna (a.abu-hanna@amc.uva.nl )

IMPORTANT DATES

15 Nov 2006 Deadline for proposals

01 Dec 2006 Notification of acceptance

15 May 2007 Camera-ready materials

07 Jul 2007 Tutorials at AIME 07

08 Jul 2007 Workshops at AIME 07

Workshops will address selected technical topics. They should have an informal atmosphere and will last for half or a whole day with ample time allotted for general discussion. A workshop will typically attract 20 to 40 participants. Tutorials focus on topics relating to theoretical and applied aspects of AI in Biomedicine. They will last for 4 hours and will typically attract up to 20

participants. Attendees at tutorials and workshops do not necessarily need to register for the main AIME 07 conference.

4) CALL FOR DOCTORAL CONSORTIUM SUBMISSIONS

Contact: Jim Hunter (jhunter@csd.abdn.ac.uk)

IMPORTANT DATES

27 March 2007 Paper submission deadline

01 May 2007 Notification of acceptance

15 May 2007 Camera-ready papers deadline

07 July 2007 Doctoral Consortium at AIME 07

The aim of the AIME 07 Doctoral Consortium is to support the research done by doctoral students with constructive remarks and feedback from prominent scientists in the AIM field. About 6 - 8 Ph.D. students will make presentations, which will be commented on by two members of a panel with substantial experience in the field. The session will conclude with a discussion of general questions related to Ph.D. research.

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PARALLEL BIO-COMPUTING 2007

Workshop on Parallel Computational Biology, Gdansk, Poland
September 9-12, 2007

Submission Deadline: April 29th, 2007

http://pbc.pcz.pl

Bioinformatics is the science of managing, mining, and interpreting information
from biological sequences and structures. This is an exciting and emerging topic
that requires solving hard computational problems and handling large volumes of
data. Many new challenges in the life sciences require high performance
computing.

The goal of this Workshop is to present the latest research in high-performance
computing applied to bioinformatics. We are especially interested in parallel
and distributed algorithms, memory efficient algorithms, and design of
high-performance software for clusters, massively parallel systems and grids.
Topics of interest include but are not limited to:

* Bioinformatic databases
* Computational genomics and proteomics
* DNA assembly, clustering, and mapping
* Gene expression and microarrays
* Gene identification and annotation
* Molecular sequence analysis
* Phylogeny reconstruction algorithms
* Protein structure prediction and modelling
* Parallel algorithms for biological analysis
* Parallel architectures for biological applications
* System tools that support large scale high-performance bio-computing

The PBC Workshop will be held in conjunction with the Seventh International
Conference on Parallel Processing and Applied Mathematics PPAM 2007, Gdansk,
Poland, September 9-12, 2007 (http://ppam.pcz.pl).

Paper Submission and Publication

The workshop will consist of dedicated sessions containing selected papers.
Papers will be refereed and accepted on the basis of their originality,
scientific merit and relevance to the Workshop topics. Papers presented during
Workshop will be included into the proceedings of PPAM and published after the
conference by Springer-Verlag in the LNCS series.

Information regarding paper preparation and submission will be announced soon.

Important Dates

* Submission of Papers: Sunday, April 29, 2007 (23:59 CET)
* Notification of Acceptance: Friday, June 15, 2007
* Conference: September 9-12, 2007
* Camera-Ready Papers: October 15, 2007

Programme Committee

* David A. Bader, Georgia Tech., USA (workshop chair)
* Denis Trystram, ID-IMAG, France (workshop chair)
* Jaroslaw Zola, Iowa State. Univ., USA (programme chair)
* Srinivas Aluru, Iowa State. Univ., USA
* Jacek Blazewicz, Poznan Univ. of Tech., Poland
* Frederic Guinand, Le Havre Univ., France
* Ralf Hofestaedt, Bilefeld Univ., Germany
* Ananth Kalyanaraman, Washington State Univ., USA
* Dominique Lavenier, IRISA, France
* Luciano Milanesi, CNR, Italy
* Bertil Schmidt, Nanyang Tech. Univ., Singapore
* Alexandros Stamatakis, EPFL, Switzerland
* Andrei Tchernykh, CICESE, Mexico
* Chau-Wen Tseng, Univ. of Maryland, USA
* Albert Zomaya, Univ. of Sydney, Australia

Workshop de EMBRACE

2006-10-13T09:09:00.000-07:00

Uppsala 9-10 November 2006

The objective of EMBRACE is to bring together a wide group of experts throughout Europe who are involved in the use of information technology in the biomolecular sciences. The EMBRACE Network of Excellence seeks to optimise informatics and information exploitation by pure and applied biological scientists in both the academic and commercial sectors.

This workshop will focus on Regulatory Sequence Motif Discovery tools and databases and web-services/grid aspects related to the EMBRACE project.

La conexión entre varios supercomputadores abre horizontes a la investigación espacial

2006-10-13T02:55:00.000-07:00

NOTA DE "BIOINFORMÁTICA Y GRID": hay que tener claro que una cosa son los supercomputadores como el Mare Nostrum y otra la filosofía del Grid Computing, conceptos que creemos se confunden un poco en el texto que os presentamos. Por Grid Computing entendemos la utilización de un "computador virtual", que en realidad es la interacción de heterogéneos recursos computacionales conectados en red (PCs, clústeres, supercomputadores...). Por tanto, vemos que los supercomputadores pueden conectarse con otros recursos computacionales (otros supercomputadores o no) y utilizar tecnologías como la Grid Computing, pero conviene no confundir los términos. Interesante la actualización de Grid Computing en la edición en castellano de Wikipedia, aunque no aluda al concepto de "computador virtual".

La Opinión

La interconexión de varios de los supercomutadores que existen en el mundo abrirá nuevos horizontes en la investigación espacial, ya que multiplicará la capacidad de analizar, procesar e interpretar la información que envían los satélites, las sondas o los telescopios.

Científicos y tecnólogos se han reunido esta semana en el Centro Europeo de Astronomía Espacial (ESAC) que Agencia Europea del Espacio tiene en Madrid para analizar las últimas tecnologías de computación y su utilidad en la investigación espacial.

Los trabajos se orientaron sobre todo a los últimos avances en la tecnología de computación "Grid", consistente en compartir recursos como superordenadores situados en diferentes lugares y pertenecientes a organizaciones diferentes pero conectados "en malla" a través de internet para que trabajando simultáneamente puedan resolver complejísimos problemas de cálculo o procesar un mayor volumen de datos.

Mateo Valero, director del Centro Nacional de Supercomputación, donde se localiza uno de los ordenadores más potentes del mundo -el "Mare Nostrum"-, destacó la contribución que la computación está prestando a la investigación espacial y las posibilidades que se abren gracias a las tecnologías "Grid".

En declaraciones a Efe Mateo explicó que las aplicaciones espaciales, sobre todo campos el de la astrofísica, ocupan aproximadamente el veinticinco por ciento de los trabajos científicos que en la actualidad se realizan en el "Mare Nostrum" de Barcelona.

Precisó que la supercomputación aplicada a la investigación espacial aporta una mayor capacidad de cálculo, de memoria, de procesado de información, y que todo ello permite estudiar "a un nivel mucho fino" cómo ha evolucionado el universo.

Para Félix García, profesor de Arquitectura de Ordenadores en la Universidad Carlos III de Madrid, apuntó que el objetivo de la tecnología "Grid" es compartir instalaciones para conseguir "el ordenador virtual más grande del mundo" para que la comunidad científica sea capaz de resolver problemas cada vez más complejos y de realizar simulaciones.

En España, varias universidades y centros del Consejo Superior de Investigaciones Científicas han creado la primera plataforma de estas características, conocida como "Irisgrid", explicó a EFE Félix García, quien coincidió con Mateo al subrayar las posibilidades que este tipo de tecnologías van a abrir a sectores como el espacial.

El responsable de informática y de archivos científicos del Centro Europeo de Astronomía Espacial (ESAC), Christophe Arviset, subrayó que la supercomputación y las tecnologías "Grid" acelerarán el procesado de los datos que envían la tierra las diferentes sondas o satélites que navegan por el espacio.

Arviset aseveró que gracias a la tecnología "Grid" "ya no hay límites a la computación", y se mostró convencido de que ello servirá para que la investigación espacial dé "un paso más" y para descifrar enigmas que la computación normal no ha logrado.

Introducción a las "healthgrids"

2006-10-10T02:44:00.000-07:00

En el campo de la salud y la biomedicina cada vez está cobrando más importancia el Grid Computing. Os recomandamos este portal para quien quiera profundizar más en el tema.

Y además una buena noticia para la gente interesada en el conocimeinto libre: el 4 de diciembre la Knowledge Base sobre Healthgrids será pública.

Ian Foster

2006-10-09T07:12:00.000-07:00

Ian Foster es una persona clave en el mundo de la computación distribuida. En su página personal hay información muy interesante (como esta presentación sobre Qué es la Grid) así como en su blog.

Es uno de los autores de The Grid: Blueprint for a New Computing Infrastructure, que es una de las biblias en el campo del Grid Computing.

"Bioinformática y Grid" en Barrapunto

2006-10-06T01:35:00.000-07:00

Agradecemos a los editores de Barrapunto el que informe tan pronto de nuestra iniciativa. Saludos.

VII Jornadas de Bioinformática (JdB'06), Zaragoza

2006-10-06T01:26:00.000-07:00

http://ub.cbm.uam.es/jdb06
PRELIMINARY PROGRAM

MONDAY 20th November

           opening

           13:00-15:00 Registration
           15:00-15:30 Opening Ceremony
           15:30-16:30 Luis Serrano RNB Keynote Address

16:30-17:00 coffee break

           cross-disciplinary session

           17:00-17:30 C.A. Orengo-UCL
           17:30-18:00 Patrick Aloy-IRB
           18:00-18:30 Madan Babu-LMB
           18:30-19:00 Joaquin Dopazo-CIPF

19:45-20:30  Welcome Reception at Zaragoza Town Hall

21:30           Congress Dinner at Hotel Goya

TUESDAY 21st November

            structural bioinformatics session

             9:00-10:00 Jeffrey Skolnick INB Keynote Address
           10:00-10:30 Nikolay Dokholyan
           10:30-10:45 Ugo Bastolla-CBM, Madrid
           10:45-11:00 Oral Communication (selected from abstracts)

11:00-11:30 coffee break

           11:30-12:00 Holger Golhke
           12:00-12:15 Oral Communication (selected from abstracts)
           12:15-12:30 Oral Communication (selected from abstracts)
           12:30-13:00 (to be confirmed)
           13:00-13:15 Oral Communication (selected from abstracts)
           13:15-13:30 Santiago Cuesta-CNR ENS, Lyon

13:30-15:00 lunch at Restaurante Garden

           systems biology session

           15:00-15:30 Laurence Hurst - University of Bath
           15:30-16:00 (to be confirmed)
           16:00-16:30 (to be confirmed)
           16:30-17:00 Mark Isalan - CRG

17:00-17:30 coffee break

           17:30-18:00 Victor de Lorenzo - CNB
           18:00-18:30 Juan Poyatos - CNIO
           18:30-18:45 Oral Communication (selected from abstracts)
           18:45-19:00 Oral Communication (selected from abstracts)

19:00-20:00 Drinks & Poster Session

20:30-21:30 Visit to La Aljaferia, Zaragozas old Moorish (and Christian)
royal castle.  http://commons.wikimedia.org/wiki/La_Aljafería,_Zaragoza

WEDNESDAY 22nd November

           computational genomics session

             9:00-10:00 Peer Bork BSC Keynote Address
           10:00-10:30 (to be confirmed)
           10:30-10:45 Federico Abascal
           10:45-11:00 Oral Communication (selected from abstracts)

11:00-11:30 coffee break

           11:30-12:00 Christian von Mering
           12:30-13:00 (to be confirmed)
           12:00-12:30 Francesca Ciccarelli
           13:00-13:15 Oral Communication (selected from abstracts)
           13:15-13:30 Oral Communication (selected from abstracts)

13:30-15:00 lunch at Restaurante Garden

           algorithms and databases session

           15:00-15:30 (to be confirmed)
           15:30-16:00 (to be confirmed)
           16:00-16:15 Oral Communication (selected from abstracts)
           16:15-16:30 Oral Communication (selected from abstracts)
           16:30-16:45 Oral Communication (selected from abstracts)

16:45-17:00 coffee break

           closing

           17:00-17:55 Entrepreneurs Session
           17:55-18:00 Adjourn

Tutorial sobre Grids - EGEE / EELA

2006-10-05T05:58:00.000-07:00

RedIRIS/Red.Es está involucrado desde el año 2002 en el impulso de las tecnologías Grid Computing dentro de la Comunidad Científica Española, albergando las Iniciativas Nacionales, infraestructuras comunes, y ofreciendo a la comunidad científica un foro de unión que permita el uso y diseminación de de la tecnología Grid. RedIRIS/Red.Es ha participado y participa en varios proyectos Europeos en Grid e Internacionales, tales como, CrossGrid, EGEE-I, EGEE-II, EuMedGrid, EELA y GGF.

En el marco del proyecto EELA y EGEE-II, RedIRIS/Red.Es organiza este curso de formación destinado tanto a administradores como a usuarios de la Tecnología Grid Computing, basado en las infraestructuras y middleware que define el proyecto EGEE, donde RedIRIS participa varias actividades, entre ellas, NA3 relativa a Trainning.

El objetivo de este curso es que los alumnos conozcan en profundidad la tecnología Grid, tanto a nivel de usuarios como a nivel de administrador, por ellos, uno de los aspectos más destacados es el caracter práctico del curso.

El curso tendrá lugar en la Facultad de Informática de la Universidad Complutense de Madrid, y la asistencia está limitada tanto en el tutorial de usuarios como en el de administradores a un máximo de 40 alumnos, aunque este es el primero de una serie de cursos que RedIRIS está planificando.

La agenda del Tutorial puede consultarse en el siguiente enlace. Además, existe información sobre hoteles, y como llegar a la Facultad de Informática de la Universidad Complutense de Madrid.

COPY-LEFT Manual de uso

2006-10-03T01:06:00.000-07:00

Hace ya algún tiempo, el término copyleft saltaba los márgenes del código informático y se instalaba en todos los ámbitos de la producción intelectual.

Todavía relativamente desconocido, torpemente pronunciado por los no iniciados, el copyleft se ha convertido sin embargo en la bandera de un movimiento cultural y político que reúne a toda clase de creadores y trabajadores intelectuales: músicos, escritores, programadores, artistas, editores, juristas, mediactivistas y un larguísimo etcétera que amenaza con instalarse en cada rincón de la sociedad.

Este manual pretende ser una herramienta practica para que las personas que trabajan en los distintos ámbitos de la creación puedan tener unas referencias mínimas, para entender la cultura libre y el mundo copyleft.

Para que este manual no pierda su validad por el paso del tiempo, en breve pretendemos publicar la guía en formato WIKI donde poder ir revisando el manual.

Visita la web o descárgate el libro

Proyectos españoles de computación distribuida en EGEE 06

2006-10-03T01:02:00.000-07:00

Leído en Barrapunto

En estos días se está desarrollando en Ginebra el primer congreso del proyecto mundial de Grid Computing EGEE II. En este evento hay diversos proyectos españoles desarrollados en el ámbito académico –la lista no es exhaustiva, puede faltar alguna cosa, toda la información en el link del congreso– como GridWay (proyecto relacionado con Globus), XMipp (microscopía electrónica), GROCK (descubrimiento de nuevos fármacos), BiG (bioinformática), IMRT (biomedicina), la presentación en este congreso por el IFCA de la European Interactive Grid, o bien proyectos extranjeros relacionados con el CERN con importante participación de desarrolladores españoles (desarrolladora, en este caso), como Geant4 o UNOSAT-Grid.

Empezamos

2006-10-02T03:21:00.000-07:00

Bienvenidos a "Bioinformática y Grid", nuevo blog donde trataremos sobre bioinformática, grid computing, software, cultura y conocimiento libres y demás temas relacionados.

Esperamos estar al nivel de otras iniciativas en castellano similares, como el blog de GRIDIMadrid o actualmente el imprescindible blog de Borja Sotomayor

Para cualquier duda o sugerencia podeis escribir a david[arroba]cnb.uam.es